Действительно, в соответствии с ч. 12 ст. 91 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» лицензирующий орган принимает решение о возврате соискателю лицензии или лицензиату заявления и прилагаемых к нему документов с мотивированным обоснованием причин возврата наряду с установленными законодательством Российской Федерации о лицензировании отдельных видов деятельности случаями при наличии у лицензиата неисполненного предписания федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по контролю и надзору в сфере образования, или органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющего переданные Российской Федерацией полномочия по государственному контролю (надзору) в сфере образования.
В соответствии с п. 9 ч. 1 ст. 6 и п. 1 ч. 1 ст. 7 Федерального закона № 273-ФЗ полномочия по государственному контролю (надзору) рассматриваются как отдельные полномочия федеральных органов государственной власти в сфере образования или полномочия Российской Федерации в сфере образования, переданные для осуществления органам государственной власти субъектов Российской Федерации, которые  не входят в полномочия по лицензированию образовательной деятельности.
Государственный контроль (надзор) в сфере образования включает в себя федеральный государственный контроль качества образования и федеральный государственный надзор в сфере образования (ч. 1 ст. 93 Федерального закона № 273-ФЗ). Таким образом, лицензионный контроль не входит в содержание государственного контроля (надзора) в сфере образования, а является, согласно п. 1 ст. 3 Федерального закона от 4 мая 2011 года № 99-ФЗ «О лицензировании отдельных видов деятельности», составляющей лицензирования.
Таким образом, в п. 3 ч. 12 ст. 91 Федерального закона № 273-ФЗ под неисполненным предписанием федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по контролю и надзору в сфере образования, или органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющего переданные Российской Федерацией полномочия по государственному контролю (надзору) в сфере образования, понимается неисполненное предписание, выданное именно в случаях выявления соответствующих нарушений в рамках процедуры государственного контроля (надзора) в сфере образования, но не лицензионного контроля.  Наличие предписания об устранении выявленных нарушений лицензионных требований не является основанием для возврата соискателю лицензии или лицензиату заявления.
В случае если предписание было выдано на основании выявления нарушения требований законодательства об образовании в части работы без лицензии и содержало требование об его устранении путем обращения в лицензирующий орган с заявлением о лицензировании соответствующей образовательной деятельности (например, новой образовательной программы), то представляется, что такое предписание является исполненным в момент подачи соответствующего заявления о предоставлении или переоформлении лицензии и не может являться основанием для возврата такого заявления

Да, согласно ч. 4 ст. 91 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» в лицензии указываются все места осуществления образовательной деятельности по основным и дополнительным общеобразовательным программам, в том числе, и места, в которых реализуется часть образовательной программы.
Согласно пунктам 10, 15 – 17 Положения о лицензировании образовательной деятельности, утвержденного постановлением Правительства Российской Федерации от 28 октября 2013 года № 966, при подаче заявления о лицензировании либо заявления о переоформлении лицензии в связи с лицензированием новых программ, филиалов или новых мест осуществления образовательной деятельности предоставляются следующие сведения и документы: реквизиты документов, подтверждающих наличие у соискателя лицензии (лицензиата) на праве собственности или ином законном основании зданий, строений, сооружений, помещений и территорий (включая оборудованные учебные кабинеты, объекты для проведения практических занятий, объекты физической культуры и спорта) в каждом из мест осуществления образовательной деятельности, а также копии правоустанавливающих документов в случае, если права на указанные здания, строения, сооружения, помещения и территории и сделки с ними не подлежат обязательной государственной регистрации в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Таким образом, предоставлять информацию об объектах физической культуры и спорта как местах осуществления образовательной деятельности необходимо, и эта информация включается в приложение к лицензии

Согласно ч. 4 ст. 91 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» лицензия на осуществление образовательной деятельности имеет приложение, являющееся ее неотъемлемой частью. В приложении к лицензии указываются сведения о подвидах дополнительного образования. Новый Федеральный закон не предусматривает указание в приложении к лицензии конкретных дополнительных общеразвивающих программ той или иной направленности.
Согласно ч. 6 ст. 10 Федерального закона № 273-ФЗ дополнительное образование включает в себя такие подвиды, как дополнительное образование детей и взрослых и дополнительное профессиональное образование. Таким образом, в приложении к лицензии указывается подвид образования – «дополнительное образование детей и взрослых».
Дополнительное образование детей и взрослых представляет собой реализацию дополнительных общеобразовательных программ, дополнительных общеразвивающих программ, дополнительных предпрофессиональных программ (п. 1 ч. 4 ст. 12 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации»). Регламентация дополнительного образования детей и взрослых предусматривается  ст. 75 Федерального закона.
Указание в приложении к лицензии подвида дополнительного образования «дополнительное образование детей и взрослых» дает право образовательной организации осуществлять образовательную деятельность по всем дополнительным общеобразовательным программам, включая дополнительные общеразвивающие программы различной направленности

В соответствии с ч. 1 ст. 91 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» образовательная деятельность подлежит лицензированию в соответствии с законодательством Российской Федерации о лицензировании отдельных видов деятельности с учетом особенностей, установленных Федеральным законом «Об образовании в Российской Федерации».
Лицензирование образовательной деятельности осуществляется по видам образования, по уровням образования, по профессиям, специальностям, направлениям подготовки (для профессионального образования), по подвидам дополнительного образования.
Работа кружков, секций в общеобразовательной организации за рамками соответствующего федерального государственного образовательного стандарта является дополнительным образованием  – видом образования, который направлен на всестороннее удовлетворение образовательных потребностей человека в интеллектуальном, духовно-нравственном, физическом и (или) профессиональном совершенствовании и не сопровождается повышением уровня образования.
В соответствии с ч. 1 ст. 75 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» дополнительное образование детей направлено на формирование и развитие творческих способностей детей, удовлетворение их индивидуальных потребностей в интеллектуальном, нравственном и физическом совершенствовании, формирование культуры здорового и безопасного образа жизни, укрепление здоровья, а также на организацию их свободного времени.
Дополнительное образование детей обеспечивает их адаптацию к жизни в обществе, профессиональную ориентацию, а также выявление и поддержку детей, проявивших выдающиеся способности.
Дополнительные общеобразовательные программы подразделяются на общеразвивающие и предпрофессиональные программы. Образовательная деятельность по дополнительным общеобразовательным программам подлежит лицензированию.
При этом согласно ч. 4 ст. 91 Федерального закона № 273-ФЗ в приложении к лицензии не перечисляются конкретные виды дополнительных общеобразовательных программ с указанием направленности, а указываются сведения в целом о подвиде дополнительного образования, которым согласно ч. 6 ст. 10 Федерального закона № 273-ФЗ является «дополнительное образование детей и взрослых»

При осуществлении внеурочной деятельности в рамках федерального государственного образовательного стандарта начального общего образования осуществляется реализация основной общеобразовательной программы начального общего образования, а не дополнительная общеобразовательная программа.
Для осуществления такой образовательной деятельности достаточно лицензии, в приложении к которой указываются сведения об уровне образования – начальном общем образовании (ч. 4 ст. 91 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации»). Лицензирование и указание в приложении к лицензии дополнительного образования детей и взрослых не требуется